یکی از مسائل مهم در حوزۀ دین‌پژوهی، بحث مرجعیت دینی است. به موجب آن، کسانی که اطلاعات علمی در مسائل دینی ندارند، موظف به رجوع به عالمان و متخصصان علوم دینی و اخذ معالم دینی از آنان خواهند شد. مرجعیت دینی پایه‌های مهمی در قرآن، به‌ویژه آیه‌های «نفر» و «سؤال» دارد. به موجب قرائن و شواهد تاریخی، رسول خدا(ص) پایه‌گذار مرجعیت دینی در عصر خود شدند. اما نظام مرجعیت دینی به عنوان نظامی که پاسخ‌گوی نیازهای علمی شیعیان باشد، در دوران امامان(ع) به‌خصوص صادقین(ع) شکل گرفت و توسعه یافت؛ به‌طوری‌که پس از دورۀ غیبت تا به امروز، همین نظام حل مسائل و مشکلات دینی را بر عهده دارد
)